目前治疗男性不育的办法很多，特别是中医有比较好的疗效，但只有部分患者可以孕育，对一些“不治之症”，例如无睾、附睾发育不全、输精管缺如等，现代医学暂无有效疗法，唯一可行的是人工授精。
对其他情况，要针对病因进行治疗。比如：输精管节段性梗阻和精素静脉曲张可以做手术治愈；质量低下可以中西医结合治疗；抗抗体阳性者可适当使用免疫；生殖系统炎症可实行抗炎治疗等。
较为重要的一点是，患者应保持一颗“平常心”，不要“求子心切”，以免造成太大的心理压力，因为精神情绪的变化可影响受孕，反过来不孕症也可导致精神情绪变化，如不孕夫妇得不到心理治疗和不能控制自身感觉和情绪，则将导致不孕的恶性循环。
不孕不育症的检查、治疗需时间较长，一般要半年左右，患者和医生都要有耐心，积极配合才有希望。
男性免疫性性不育症的治疗
对于由免疫因素而导致的男性不育症，仅靠单一的医治方法效果不是十分显著，经多年潜心研究而得出的内外双联综合疗法将各种有效的单纯疗法有机地联为一个整体，取之长、弃之短，从而取得了令人满意的治疗效果。
治疗伊始，专业医师会借助先进的高科技医疗设备对发生异常的具体病灶部位进行确定，找出真正的致病因素；并运用外科手术对生殖管道局部的损伤病灶进行彻底地切除。接下来就是要依靠以总体治疗原则和具体治疗方法相融合的“内外双联综合疗法”，从扶正固本入手、将中西医有机结合，辨症施治，着重调整患者机体的整个免疫系统。“内联”，便是对患者使用一些颇有成效的免疫制剂，减少抗抗体的产生；“外联”，就是在治疗过程中，配合使用各种高科技医疗设备，如恒频磁共振波治疗系统、生理功能障碍治疗仪、不孕不育症诊断仪、光谱治疗仪等等，根据内生热原理，在组织深层发出生物热效应，来消灭仅靠效达不到的病灶。这样可以达到改善局部代谢、丰富血液循环、恢复正常的免疫系统功能与生精功能，同进也能改善和加强男性生殖功能等方面的一系列功效。
