尽管西地那非被认为是治疗首选的口服物，但临床应用时仍需注意以下几点：
1.由于西地那非使用方便，效果良好，某些患者就有可能倾向于单纯寻求物治疗而不重视病因的诊治，故在使用西地那非之前，仍建议患者去详细检查，结合病史、体格检查和相关实验室检查，以做出明确的诊断，患者应了解与重视糖尿病、高血压、动脉硬化、酗酒、吸烟等相关治疗的重要性。
2.由于与心脏病发作危险性有一定程度的关联，在对患者使用西地那非前，应考虑这一因素，至今已有在服用西地那非期间死亡的病例，尽管多数学者认为这与西地那非关系不大，但经验告诫，对心脏病、出凝血障碍、活动性溃疡、视网膜炎等患者要慎重使用。此外服用任何剂型的有机硝酸盐物的患者禁忌使用西地那非。
3.在使用剂量上，临床研究使用从1.25mg到200mg不等，随着剂量的增加，副作用的出现率也在增大，目前认为前1小时使用25mg~100mg大多数是有效的，每日用不超过1次，剂量要个体化。
4.西地那非并不是对所有患者均有效，无效的原因可能是没有足够的性，高脂饮食或酒精会影响物效果。对于因激素水平异常、与关系不佳而导致的西地那非无效，建议先采取教育指导后再服用西地那非治疗。
